Červený ženšen (který je tepelně zpracovaný pařením) se od bílého ženšenu odlišuje přítomností minoritních panaxosidů, které se v bílém ženšeni prakticky nevyskytují. K těm patří třeba ginsenosid F2, Rg3, Rg2, Rh1, Rh3, Rk1, Rg5, Rk2, Rk3, Rk4, sloučenina K a samotné aglykony protopanaxadiol (PPD) a protopanaxatriol (PPT). Ty vznikají při tepelné úpravě deglykosylací a v menší míře též dehydratací majoritních panaxosidů (Rb1, Rg1, Re atd.) a mají v mnoha případech specifické žádoucí účinky (například ginsenosid Rg3). Avšak deglykosylace probíhá zčásti i v zažívací soustavě, takže bílý ženšen se červenému ženšeni co do účinků přeci jenom dost podobá, zvláště když jde o bílý ženšen tepelně upravený (vařený). Při tepelné úpravě též dochází k demalonylaci malonyl ginsenosidů a k částečné racemizaci směsi ginsenosidů, které jsou chirální.
Z uvedeného vyplývá, že červený a bílý ženšen jsou si co do účinnosti dost podobné, ale přeci jenom mezi nimi můžou existovat rozdíly (které TČM vyjádřuje řčením, že červený ženšen je "teplejší", více jang než bílý ženšen). Tyto rozdíly nejsou vědecky dostatečně charakterizované, k jejich odůvodnění by musel existovat biochemický model farmakokinetiky i farmakodynamiky perorálně podaného červeného i bílého ženšenu, který k dispozici není. TČM upřednostňuje červený ženšen a já bych jej zvláště k ochraně srdečně-cévní soustavy také více doporučil.
